De Abdij telt twee kerken: De Koorkerk en de Nieuwe Kerk. Daartussen in zit eigenlijk de derde kerk: de Wandelkerk of het Auditorium. De huidige kerkgebouwen zijn ontstaan rond het jaar 1300 en waren aanvankelijk samen één Abdijkerk. De Nieuwe Kerk werd na een brand in 1568 herbouwd. Grenzend aan de de Nieuwe Kerk en de Koorkerk staat de Lange Jan toren. Voor velen is deze toren het symbool van Middelburg.